Osmanlı dönemi, Aleviler için katliamlar dönemiydi. Daha I. Osman ve Orhan Gazi zamanında, Osmanlı merkeziyetçiliği geliştirmiş, yerel önderleri katletmişti. Bu durum, en başından itibaren topluluklar arasında problemleri başlatmışı. Osmanlı, İmparatorluk içinde yerel önderleri ve liderleri tanımamış, yok etmişti. 1416’da Şeyh Bedrettin tarafından direnişle karşılaşmıştı. Sosyo-ekonomik yapı içerisinde, farklı inançlarla birlikte Aleviler / Kızılbaşlar katledildiler. Bu süreçte (1420’de) Bedreddin’le birlikte Börklüce Mustafa ile Torlak Kemal ve taraftarları idam edildi, katliamlar gerçekleştirildi.
Sonrasında II. Mehmet döneminde (1480) Osmanlı içerisinde Hurufilik, İran ve Anadolu’da geniş taban bulmuştu. O yıllarda II. Mehmet, Edirne’de saltanatı ele geçirmişti. II. Mehmet, başlarda Hurifilere müdahale etmese de çevresindekiler tarafından bu durum ilgi görmemişti. II. Mehmet’in en baş danışmanlarından olan Fahr-el din ( Fahreddin ) Hurifilerin ateşte yakılmaları için fetva vermişti. Bu fetva üzerine, Hurufiler, 1480’de Edirne’de bir camiye götürüldü, büyük bir ateş yakılarak Hurifilerin lideri ateşe atılarak yakıldı, taraftarları, idam edildiler. Aynı yıllar II. Mehmet Han tarafından, Hurufilerle birlikte tüm inanç toplulukları saldırılara, katliamlara uğradılar.
Osmanlı’nın, o yıllarda ( 1468-1474 ) Karaman bölgesinde yarı özerk şekilde yaşayan Karamanoğullarıyla aralarında derin çelişkiler sürüyordu. II. Mehmet, ilk defa Konya Karaman bölgesinde içlerinde Alevi / Kızılbaşlarında olduğu önemli nüfusu, 1475’te Rumeli’ye sürgün etti. Bu ilk Alevi / Kızılbaş sürgünüydü.
II. Mehmet’ten sonra Osmanlı Padişahı
II. Beyazıd dönemiydi. (1481-1512).
II. Beyazıd döneminde Alevi / Kızılbaşların durumları daha da kötüleşti. 1488’de Safeviler’in başında Şah Haydar vardı.
II. Beyazıd’a karşı, Safevi lideri Şah Haydar’ın saldırıları olmuştu. Bu saldırılardan ötürü II. Beyazıd, Aleviler / Kızılbaşlar ve Şah Haydar için; “Allah Haydar’ın kafir müridlerinin belasını versin” biçiminde bir bakışla, Kızılbaşlara saldırılar başlattı. II. Beyazıd, İran’a yönelik hareket ederken 1502’de: “Tutsak edilen tüm Kızılbaşların idam edilmelerini” emretti. Sağ kalan Alevileri Yunanistan’a ve Mora’ya sürgün etti. II. Beyazıd’ın yanındaki dinci, bağnaz, yobaz kişiler Alevi / Kızılbaşlar için “kafirlik” suçlamaları ile fetva verdiler.
1501’de II. Beyazıd’ın emri altında olan, Osmanlı Müftüsü Hamza Saru Görez, Aleviler için şu fetvayı verdi. Bu fetva Alevilerin / Kızılbaşların katliamlarına yönelik bir ilk fetvaydı. “Ey Müslümanlar bilin ve haberdar olun ki, (…) Kızılbaş topluluğu, Peygamberimizin şeriatını, sünnetini, İslam dinini, Kuran’ı küçük gördüler. Kutsal Kuran’ı, öteki din kitaplarını tahkir ettiler ve onları ateşe atarak yaktılar. Hazreti Ebu Bekir’e, Hazreti Ömer’e sövüp, onların halifiliklerini inkar ettiler. Peygamberimizin karısı Ayşe anamıza iftira ettiler ve sövdüler, bu topluluğun kafirler ve dinsizler topluluğu olduğuna dair fetva verdik. (…) Bu gibi kimselerin topluluğunu dağıtmak bütün Müslümanlar’ın vazifesidir. Bu topluluğun kestiği veya gerek şahinle gerk ok ile gerekse köpek ile avladığı hayvanlar murdardır. Onların gerek kendi aralarında gerekse başka topluluklarla yaptıkları evlenmeler muteber değildir. Onlara ait kasaba varsa, o kasabanın bütün insanlarını öldürüp mallarını, miraslarını, evlatlarını alma hakkı vardır. (…) onların tövbe ve nedametlerine inanımamalı ve hepsi öldurülmelidir. Onların öldürülmesi vaciptir.”
